Уже в начале 2016 года на пост главного тренера был назначен словацкий специалист
Йозеф Вукушич, который ранее возглавлял такие клубы, как немецкий «Райнбах», словацкие «Личартовце», «Ружомберок», «Спартак» (Трнава), «Нитра», южно-африканский «Кейптаун», ливийский «Аль-Ахли». По состоянию здоровья Владимир Нидергаус покинул пост директора. Новым директором был назначен Аскар Абильдаев, который ранее уже возглавлял «Шахтер» в период с 2008 по 2010 годы. Состав команды изменился на пятьдесят процентов. В начале августа Йозефа Вукушича на посту главного тренера сменил Алексей Еременко – известный в прошлом футболист, который играл московских «Спартаке», «Торпедо» и «Динамо». Сезон команда завершила на 9 позиции в чемпионате
В межсезонье легенда карагандинского «Шахтера» и любимец болельщиков Андрей Финонченко принял решение повесить бутсы на гвоздь и был назначен ассистентом главного тренера
Новый состав «оранжево-черных» наполовину состоял из воспитанников карагандинского футбола. Сезон для команды не задался с самого начала и после 14-го тура «горняки» замыкали турнирную таблицу, набрав всего 9 очков. Из-за неудовлетворительного результата в клубе произошли кадровые перестановки. Аскар Абильдаев и Алексей Еременко ушли в отставку. В команду пришли новые люди, перед которыми стояла задача сохранить «горняцкий» клуб в высшем дивизионе Казахстана. Исполнительным директором клуба стал опытный менеджер Олжас Абраев, спортивным директором – бывший нападающий сборной Казахстана Мурат Тлешев, а главным тренером – литовский специалист Саулюс Ширмялис. В кратчайшие сроки они разрешили кризисную ситуацию в футбольном клубе, и команда по итогам сезона вышла из «зоны вылета» и завершила выступление на 7 строчке турнирной таблицы